Die Gemeinde Bawinkel kann bereits auf eine lange Geschichte zurückblicken. Archäologische Funde belegen bereits eine Besiedlung des Raumes Bawinkel in vorgeschichtlicher Zeit. So wurden bei Kultivierungsarbeiten im Ortsteil Duisenburg Urnen und Scherben aus vorchristlicher Zeit gefunden. Das Bawinkeler Gebiet soll im 10. und 11. Jahrhundert nur mit wenigen Höfen besiedelt gewesen sein.

Erst ab dem 13. Jahrhundert stieg die Bevölkerung allmählich an. In Urkunden findet eine erste Kirche im Jahr 1325 Erwähnung. Sie stand außerhalb des heutigen Ortskernes auf dem jetzigen evangelischen Friedhof.

Die Ortsbezeichnung Bawinkel ist in vielen Variationen überliefert: „Baffwinkel“, „Bafwinckele“, „Bavehinkel“, „Bavinkell“, „Bavynkell“ sowie „Bavehinckell“. Die Herkunft des Namens steht nicht sicher fest. Der Sage nach stammt die Bezeichnung von einem „Junker Bar“, der nach einer alten Überlieferung einer der ersten Einwohner des Ortes und Gründer der Kirche gewesen sein soll. So kann man hierzu in Quellen folgendes lesen: „Über die Gründung der Kirche erzählt man in der Gemeinde noch jetzt folgendes: Bei sehr strenger Kälte fuhr der Junker Bar mit einem Kinde nach dem 4 Stunden entfernten Bokeloh, um es dort taufen zu lassen. Es erfror unterwegs, und gleich darauf erbaute der Junker auf dem jetzt [Anm.: entspricht 1905] nicht mehr benutzen Kirchhofe die erste Kirche.“ (vgl. Lehrerverein, S. 68).

Inwieweit man dieser Sage Glauben schenken kann, sei da hingestellt, die zur damaligen Zeit geltende Schreibweise von Bawinkel (s. o.) spricht bereits dagegen. Zwar kommt nach anderen Quellenaussagen (vgl. Schriever, S. 123 f.) ein Droste Wilhelm von Bar in Lingen im Jahre 1557 vor und sein Sohn war Dirick von Bar, der 1566 auf einem Hölting (= sog. Holzgericht, vgl.  Wiki) zu Bawinkel zugegen war, dies dürfte aber nicht als Erklärung ausreichen. Wahrscheinlicher ist es wohl, dass Bawinkel den äußersten nördlichen Punkt der Grafschaft Lingen, die hier an das Niederstift Münster grenzte, bezeichnet. Nach Schriever (S. 122) ist der Ortsname aus „Baven“ = oben und „winkill“ zusammengesetzt und bedeutet den oberen Winkel von Lingen aus gesehen, von dem Bawinkel ursprünglich nur ein Markenteil gewesen ist.

Konkrete Angaben zur Geschichte und Besiedlung des Raumes Bawinkel liegen ab dem 16. Jahrhundert aufgrund von Urkunden und Steuerlisten vor. Die Bauernschaften Bawinkel, Plankorth und Duisenburg füllten sich allmählich mit Vollerben, Halberben und Köttern, die oft zusätzlich handwerkliche Tätigkeiten ausübten. Um 1550 zählte das Kirchspiel Bawinkel 49 Haushaltungen.

Im 17. Jahrhundert entstand die neue ländliche Sozialschicht der Heuerleute, der Landarbeiter ohne Grundbesitz, die Haus und Grundstück von einem Bauern pachten mussten. Bald machten sie mehr als die Hälfte der Bevölkerung aus. Die Heuerleute hatten nach festen Regeln an ca. 150 bis 250 Tagen im Jahr in der Landwirtschaft ihrer Verpächter zu dienen. Dafür wurden ihnen eine Behausung nebst Stallungen und kleine Grundstücke zur eigenen Bewirtschaftung zur Verfügung gestellt. Das Heuerlingswesen bestand in Bawinkel bis in die Zeit um 1960. Im Jahre 1702 kam Bawinkel als Teil der Grafschaft Lingen an Preußen. Nach dem Wiener Kongress 1815 wurde es Teil des neuen Königreiches Hannover und schließlich 1866 in Folge des Deutschen Krieges wieder Teil des Königreiches Preußen.

Die Landwirtschaft nahm in der Gemeinde im 19. Jahrhundert einen deutlichen Aufschwung, hierbei lag eine Besonderheit in einem Anbau von Zichorien, die in der Zichorienfabrik Altmann (vgl. Wiki) zu Ersatzkaffe verarbeitet wurden. Im Jahre 1881 beschlossen die Vertreter Bawinkels und weiterer Bauernschaften, die sich bis dahin zum Teil selbst verwaltet hatten, die Bildung einer Samtgemeinde Bawinkel. Diese bestand aus den Orten Bawinkel, Plankorth, Duisenburg und Clusorth-Bramhar. Die Samtgemeinde war zuständig für den Feuerschutz, das Steuerwesen, das Gesundheits- und Veterinärwesen und die allgemeine Gemeindeverwaltung, sie wurde durch einen Samtgemeinde-Bürgermeister sowie einen Samtgemeinde-Rat verwaltet.

Im Jahre 1855 kam es in Bawinkel zur Gründung einer Sparkasse einer Raiffeisen-Genossenschaft. Bald folgten weitere Genossenschaftsgründungen. Der Ort war um 1900 als „Genossenschaftsdorf“ in der Provinz Hannover weit bekannt. So heißt es in den Quellen u. a.: „[…] es bestehen mehrere landwirtschaftliche Genossenschaften, die in hervorragender Weise zum Segen der Gemeinde arbeiten. […] Das blühende Genossenschaftswesen […] hebt sich noch durch die gewonnene Bahnverbindung [Anm.: Kleinbahn Lingen-Berge-Quakenbrück im Jahre 1904], so daß Bawinkel in wirtschaftlicher Hinsicht eine gewisse Mustergültigkeit für den Kreis erlangt hat, während es um 1650 der unbedeutendste Ort der Niedergrafschaft war.“ (vgl. Lehrerverein, S. 70)

In der zahlenmäßig stark gewachsenen Gemeinde wurde in den Jahren 1904-1906 die heutige Kirche der St. Alexander Kirchengemeinde erbaut. In den Jahren nach dem 2. Weltkrieg stiegen die Einwohnerzahlen ebenfalls durch den Zuzug von Flüchtlingen und Vertriebenen aus den früheren Ostgebieten stark an.

Die Samtgemeinde Bawinkel bestand bis zu den Gebietsreformen in den 1970er Jahren. So ist Clusorth-Bramhar seit 1974 als Ortschaft Teil der Stadt Lingen (Ems), die anderen selbstständigen Gemeinden Bawinkel, Duisenburg und Plankorth wurden zur Gemeinde Bawinkel zusammengelegt. Seit 1974 ist die Gemeinde Bawinkel daneben eine der sechs Mitgliedsgemeinden der Samtgemeinde Lengerich.